中共湖南医药学院纪律检查委员会是主管全校党的纪律检查工作的党的工作机构，在学校党委和上级纪委的领导下开展工作。2021年3月29日，学校召开第二届党代会，经选举产生了第二届纪律检查委员会，现有委员共7人。

 2020年，根据湖南省纪委监委关于推进省属高校纪检监察体制改革的相关要求，学校撤销监察处建制，成立监察专员办公室。纪委、监察专员办公室核定编制5人，纪委副书记兼监察专员办公室主任1名，副主任1名，综合科、监督检查科、审查调查科科长各1名。